与那国島だけ花酒の製造が許可されている理由は、昔琉球王朝時代に与那国島から「花酒」を献上品として納めていたことや島内で古くから花酒を冠婚葬祭に使用する文化があるからです。花酒を使う文化として代表的なものは、洗骨葬です。洗骨葬では、亡くなった人を埋葬する際に花酒の一升瓶2本を一緒に墓の中に入れ、7年後にお骨と花酒を取り出して、お骨を花酒で清めるという洗骨の儀式をします。儀式の後には花酒を振りかけて火をつけて燃やし遺灰にして再びお墓に納めます。
残った1本の花酒は集まった人々に振舞われ、お酒が飲めない人は薬として体の悪い部分に花酒を塗り故人に治してもらうよう祈るといった風習があります。
こういった文化が今もなお継承されていることから与那国島にだけ特例で花酒の製造が許されているんですね。